El largo aprendizaje le permitió volcar su deseo como director en 1957, con su película Mañana, con la que no solo inicia una carrera profesional destacada sino que también pone la primera piedra de la que luego sería la Escuela de Barcelona, marcada por un lenguaje muy personal, al margen de las corrientes más comerciales y deudora, en parte, de la Nouvelle Vague francesa. A ella pertene-cieron, entre otros, los directores Joaquim Jordà, Jacinto Esteva y Pere Portabella.
Se adelanta a la Escuela de Barcelona cuando en 1966 estrena Noche de vino tinto, protago-nizada por Serena Vergano y Enrique Irazoqui, considerada por la crítica «una película mani-fiesto de los sesenta». Poema en movimiento sobre la soledad y el abandono rodado en blanco y negro en el marco de la antigua Barcelona, poco después de su estreno fue reconocida por Alain Resnais y Jean-Luc Godard.
En su última película, Res publica (2009) mantuvo el mismo espíritu de experimentación que recorrió toda su trayectoria. La película cuenta la historia de un hombre que explica ante la cámara las razones de un suicidio largamente meditado.
En palabras de Esteve Riambau, historiador y director de la Filmoteca de Cataluña:
Nunes siempre se mantuvo fiel a las ideas sobre el cine de la Escuela de Barcelona y ha sido la excepción que confirma la regla porque su origen era muy diferente al de otros integrantes del movimiento y, sin embargo, su cine se enmarca y refleja a la perfección aquella época.