Hoffman nació en Fairport, estado de Nueva York, hijo de Marilyn L. O'Connor, una abogada y juez de tribunales de familia además de activista por los derechos civiles, y de Gordon S. Hoffman, un exejecutivo de Xerox. Tuvo dos hermanas, Jill y Emily, y un hermano, Gordy Hoffman, quien realizó el guion de la película Love Liza (2002), en la que Philip actuó. Tenía ascendencia alemana por parte de su padre e irlandesa por parte de su madre; su padre era protestante y su madre era católica, pero Hoffman no se apegó a ninguna de las dos religiones. Los padres de Hoffman se divorciaron cuando este tenía nueve años de edad.
Su primer rol como actor fue en el instituto en 1982, estudiando en Fairport High School, donde interpretó el papel de Radar O'Riley en una obra basada en la producción de M*A*S*H. En 1984, asistió a la escuela de teatro de la New York State Summer School of the Arts. Después del instituto, Hoffman asistió al programa de Circle in the Square Theatre, un curso de actuación de verano, y continuó su entrenamiento como actor con el profesor de actores Mr. Alan Langdon. En 1989 recibió un título en actuación en la Tisch School of the Arts de la Universidad de Nueva York. En la Universidad de Nueva York fue uno de los miembros fundadores de la compañía teatral Bullstoi Ensemble junto al actor Steven Schub y al director Bennett Miller. Poco después de graduarse, ingresó en rehabilitación por su adicción a las drogas y desde entonces hasta más de veinte años después se mantuvo sobrio (Sigue leyendo...)